問い合わせメールとコラボレーター申請メールが届きません

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ほかにも受信できないものがあるかもしれませんが、現状把握しているのはタイトルの内容になります。

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受注やキャンセルなどのテストメールは届きます。使用しているアドレスはムームーで取得したドメインメールになります。

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ちなみにgmailなどでは受信できますが、

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会社、店舗への問い合わせも普段はドメインメールを使用しているため、shopifyの送受信も同じドメインメールを使用したいのですが、原因がお分かりになる方いらっしゃいますか?

可能性の一つでしかないですが、SPFを設定されることで

解決できるかもしれません

https://help.shopify.com/ja/manual/intro-to-shopify/initial-setup/setup-your-email#shopify-spf-dkim