自身で操作する以外に、決済時にカート内から商品が勝手に抜けることはあり得るのでしょうか。
Topic summary
決済時に、利用者の操作以外でカート内の商品が自動的に消える可能性があるかという質問が提示された。
見解としては、商品が決済できない場合はアラートが表示される、または画面遷移が止まるはずで、勝手に商品が抜ける挙動は想定されていないとの指摘。
対応策として、発生環境（デバイス、OS、ブラウザなど）を確認のうえ、事象が起きたカートにログインした状態でShopifyサポートに相談することが推奨された。サポートへのログインリンクが共有された（help.shopify.com/ja/support/login）。
現時点で具体的な原因や再現条件は不明で、解決報告はなく、議論は継続が必要。
こんにちは。
何らかの理由で商品が決済できないようであれば、
アラートが出る、あるいは画面遷移しないという認識です。
可能であれば、お客様の操作環境やデバイスなどを伺った上で
事象が起きたカートにログインした状態で
サポートに相談するのが適切と考えます。
https://help.shopify.com/ja/support/login
ご参考まで。