Shopifyでのクレジットカード決済後の金額変更は他のECカートに比べて特殊だど思うのですが、下記の認識であっていますか？
【自動承認】
・決済金額の増額 → 追加の請求をし、もう一度ユーザーに追加分のみ別で決済してもらう（1つの注文に対して2つの決済が存在する）
・決済金額の減額 → 一部のみ返金（注文時の決済金額から減額分を返金する）
【手動承認】
注文確定時はオーソリのみ行われ、請求の確定処理（7日以内）までは金額の変更（増額・減額ともに）が可能。
その後、変更した金額で請求処理をする。
Shopifyのサポートにお問い合わせいただいた方が正確な回答が返ってくるかと思いますので、サポートへのお問い合わせをお勧めいたします。
https://help.shopify.com/ja/support/login
以下は、私が開発ストアで試してみた際の挙動です。
(Shopifyサポートから回答が得られない場合は、参考にしていただければと思います。)
【自動承認】
・決済金額の増額 → 追加の請求をし、もう一度ユーザーに追加分のみ別で決済してもらう（1つの注文に対して2つの決済が存在する）
はい、注文のタイムライン上では、2回、決済した履歴が残ります。
しかし、注文画面自体は、決済が複数回に渡って行われたような見た目にはなりません。
(下図のようになります。)
・決済金額の減額 → 一部のみ返金（注文時の決済金額から減額分を返金する）
はい、そうなります。
【手動承認】
注文確定時はオーソリのみ行われ、請求の確定処理（7日以内）までは金額の変更（増額・減額ともに）が可能。
金額の変更はおっしゃる通り可能ですが、手動確定できる金額は、最初のオーソリで通った金額までです。
ですので、注文を編集し、注文金額が増えた場合、増額分を、もう一度、お客様に決済していただく必要があります。
その後、変更した金額で請求処理をする。
変更した金額ではなく、増額分の請求書がお客様に送信されます。
ご参考まで。
(キュー田辺)
