合計金額から300円OFFするクーポンを設定しています。
商品を複数個購入する際、チェックアウト画面にて商品Aから「-3円」、商品Bから「-297円」と、商品ごとに細かく値引きされて表示されます。
これはShopifyの仕様によるものでしょうか？
もし違うのであれば、修正方法について教えていただきたいです。
合計金額から割引するクーポンについてのご質問ですが、
Shopifyのヘルプセンターに下記の記載がございます。
すべての商品に定額ディスカウントを適用する場合、ディスカウントはカート内のすべてのアイテムに比例的に適用されます。たとえば、50ドルのアイテムと100ドルのアイテムが入ったカートに50ドルのディスカウントが適用されている場合、最初のアイテムは16.50ドル、2番目のアイテムは33.50ドルがディスカウントされます。
https://help.shopify.com/ja/manual/discounts/discount-types/percentage-fixed-amount
商品比率によって割引される額が決まるので、 結論Shopifyの仕様となります。
ご参考まで
（キュー小坂）